La isla se divide en seis municipios con sus respectivos ayuntamientos.
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Antigua
El Municipio de Antigua está ubicado en el centro-este de la Isla, y cuenta con una población aproximada de 8.000 habitantes.
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Betancuria
La localidad de Betancuria es la menos poblada de la Isla y en sus dominios cuenta con el Parque Rural de Betancuria, una de las referencias medioambientales de la Isla.
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La Oliva
La oliva es el municipio ubicado más al norte de Fuerteventura, y al que pertenece la Isla de Lobos, un paraje protegido.
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Pájara
El municipio de Pájara es el ubicado más al sur de la Isla, ocupando el último brazo de la misma, en la Península de Jandía.
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Tuineje
El municipio de Tuineje está ubicado al sureste de la Isla de Fuerteventura, linda con Pájara por el Sur, Antigua en el Norte y Betancuria en el noroeste.
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Puerto del Rosario
La Municipio de Puerto del Rosario alberga la capital de la Isla de Fuerteventura. Está ubicada al norte de la Isla.
