La cercanía del continente africano y el peculiar relieve de la isla son causantes de la condición de la fauna que descubriremos en Fuerteventura. A pesar de su apariencia montañosa, Fuerteventura es en realidad una isla con poca altitud y es por eso que los vientos alisios húmedos pasan sobre la isla sin transformarlos en lluvia.

Por esta razón y siglos con demasiado pasto descontrolado, la isla es muy árida, con flora y fauna en su mayoría desierta o semi desértica.

Los animales a destacar son:

Insectos

Los invertebrados, y entre éstos los insectos, son el grupo faunístico más representado en Fuerteventura. Especial interés tiene la cochinilla, insecto que vive y se desarrolla sobre las hojas de la tunera, que llegó a estar protegido por una ley de 1827.

Aves

Frente a la abundancia de invertebrados, Fuerteventura no destaca por la presencia de vertebrados; las aves son los únicos representantes (con un número importante de especies, especialmente las nidificantes —muchas endémicas— y migratorias). Las costas vírgenes de Fuerteventura y las escasas salinas y presas sirven de parada a estas especies, concentrándose en ellas una comunidad cuyos componentes varían estacionalmente.

Las aves más representativas de los llanos —tanto arenosos como terrosos— son la hubara canaria o avutarda, el corredor, el alcavarán, el alcaudón real, el cernícalo y la abubilla. En los barrancos se encuentran la terrera marismeña, la tarabilla canaria, el herrerillo, el gorrión moruno, etc. En las áreas montañosas abundan el guirre, la aguililla, el camachuelo trompetero, el águila pescadora, la lechuza común, etc. Tanto el águila pescadora como el guirre están en inminente peligro de extinción.

De entre las aves marinas destacan la pardela —como ave nidificante— y el chorlitejo grande, el chorlitejo gris, el correlimos, la garcela, etc. —como aves migratorias. Quedan escasos ejemplares de charranes comunes de la numerosa colonia existente anteriormente.

En la Isla de Lobos, la avifauna está compuesta por el petrel, la pardela chica y cenicienta y el paíño común.

Peces

Las diferencias de salinidad y temperatura de las aguas, debido a las corrientes marinas, permiten la presencia de especies pertenecientes a regiones diversas. La zona de barlovento, azotada por el mar de fondo, más rica en plancton y algo más fría, presenta más variedad y abundancia de especies.

Por familias predominan los espáridos (bogas, salemas, sargos, chopas, galanas, roqueras, samas, brecas, bocinegros, besugos, etc.). Los túnidos y similares están representados principalmente por especies de bonitos, patudos, rabiles y sierras, además de ubicuas y caballas. Entre los pelágicos están los siguientes: agujas, voladores, dorados, pejerreyes, peces espada, sardinas y picuíllos. Las más importantes especies de cangrejos son las siguientes: santorra, centolla (que se coge con frecuencia en las nasas caladas a poca profundidad), cangrejos blanco y colorado, camarones, langostas canarias (muy abundantes en las cuevas del mar del norte), percebes (popularmente llamados "patas de cabra" y localizados en los lugares umbríos de los rompientes del Mar de Norte). Los moluscos más abundantes son los mejillones, los burgaos, las canaillas y las lapas. Entre los cefalópodos abundan en especial los pulpos, calamares, chocos y potas.

En alta mar son frecuentes las tortugas careta o bobas, al igual que las tortugas laúd, que anidan en algunas playas de la isla.

Anfibios

Los anfibios están representados por la rana común; los reptiles más significativos son los lagartos, la lisa majorera o lisneja y los perenquenes.

Mamiferos

En cuanto a los mamíferos, todos los que habitan en la isla han sido introducidos por el hombre (a excepción de los murciélagos). En esta clase se engloban los perros (siendo el bardino una raza autóctona), la cabra, el cerdo, la oveja, el caballo, el dromedario, el burro, el gato, etc. Entre los mamíferos no domesticados se encuentran el erizo, la musaraña, el murciélago, el conejo, la rata, el ratón y la ardilla moruna (especie esta última introducida recientemente en la isla desde África).

Los mamíferos marinos más frecuentes son las toninas (delfines), ruasos y algunas ballenas, habiéndose constatado recientemente la presencia ocasional de focas monjes.