La isla se divide en seis municipios con sus respectivos ayuntamientos.
Antigua
El Municipio de Antigua está ubicado en el centro-este de la Isla, y cuenta con una población aproximada de 8.000 habitantes.
Betancuria
La localidad de Betancuria es la menos poblada de la Isla y en sus dominios cuenta con el Parque Rural de Betancuria, una de las referencias medioambientales de la Isla.
La Oliva
La oliva es el municipio ubicado más al norte de Fuerteventura, y al que pertenece la Isla de Lobos, un paraje protegido.
Pájara
El municipio de Pájara es el ubicado más al sur de la Isla, ocupando el último brazo de la misma, en la Península de Jandía.
Tuineje
El municipio de Tuineje está ubicado al sureste de la Isla de Fuerteventura, linda con Pájara por el Sur, Antigua en el Norte y Betancuria en el noroeste.
Puerto del Rosario
La Municipio de Puerto del Rosario alberga la capital de la Isla de Fuerteventura. Está ubicada al norte de la Isla.
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