Es uno de los poblamientos más antiguos, después del de Betancuria. Tuvo su nacimiento al parecer en el siglo XVI, aunque con anterioridad pudo ser un caserÃo en el que se levanta una ermita en la centuria precedente.
Tras estos oscuros inicios, comienza su desarrollo poblacional, contando en el siglo XVIII con la presencia de un pequeño núcleo de milicias allà acantonado.
Se convierte asà Pájara en asentamiento para el marino que llegaba a los puertos del sur de la isla o el ganadero que guardaba sus rebaños en las inmensidades de JandÃa.
La parroquia, bajo la advocación de Nuestra Señora de Regla, se erige en 1711, justificándose por el número de habitantes y la distancia a Betancuria, de la que se segrega.
Como municipio adquiere su independencia en 1812, como sucede con otros muchos ayuntamientos de las islas.
A Pájara correspondió la defensa, en ocasiones, de los ataques piráticos contra
Fuerteventura que se aventuraban en la isla por estas costas sureñas.